O primeiro prédio a abrigar a Igreja Matriz foi construído por Martim Afonso, em 1532, próximo à praia onde aconteceu a fundação oficial da Vila de São Vicente.

A construção foi destruída por um maremoto, que varreu a cidade em 1542.

A segunda sede foi erguida pelo povo em local mais distante do mar, mas foi destruída por piratas que atacaram São Vicente para saquear o comércio e as casas.

Em 1757, a atual igreja foi reconstruída sobre as ruínas da anterior, onde permanece até hoje. Seu nome é uma homenagem a São Vicente Mártir, santo espanhol que deu nome à Cidade e hoje é seu padroeiro.

Em 2006, durante a última restauração, foram descobertas lápides próximas ao altar e reconstituída a escadaria original da entrada.

A Matriz fica na Praça João Pessoa, s/nº – Centro